Zur Analyse einer Molekülform oder Kavitätsgestalt müssen die folgenden drei Punkte abgearbeitet werden. Zum Test des Skripts steht eine α-Cyclodextrin Struktur als Beispiel-Eingabedatei zum Download bereit

1. Rechnung mit Gaussian03
2. Analyse der Elektronendichte mit Hilfe des Programms MolShape
3. Auswertung der MolShape-Daten (z. B. mit OpenOffice Calc)

Das MolShape-Skript benötigt als Eingabedatei die Elektronendichte in Form einer Cube-Datei, die mit dem Programm cubegen erzeugt wurde. Befragen Sie hierfür ihre Gaussian03-Anleitung.

Starten Sie die Anwendung MolShape...



Klicken Sie auf 'Browse' und wählen eine Cube-Datei aus...



Geben Sie die Atomnummern der Start- und Endatome zur Berechnung des Profils ein (9 und 11 für die Beispieldatei) und passen Sie ggf. den Grenzwert der Elektronendichte an (Standardwert ist 0,002 Elektronen/Bohr³...



Wählen Sie den Volumenmodus (3D) aus und bestimmen sie das Achsensystem (zyx für die Beispieldatei)...



Starten Sie die Berechnung durch Klicken auf 'OK'...



Warten Sie das Ende der Berechnung ab...



Das Ende der Berechnung wird durch ein entsprechendens Dialogfenster angezeigt...

Die Auswertung der von MolShape erzeugten Daten kann mit jedem beliebigen Auswerteprogramm erfolgen. Im Folgenden werden die Ergebnisse mit Hilfe des Programms OpenOffice Calc visualisiert.

Öffnen Sie die von MolShape erzeugte Ausgabedatei (Endung '.dat') in ihrem Auswerteprogramm...



Tragen Sie z. B. die sechste Spalte (equivradius) als Funktion der zweiten Spalte (coordrel) auf...



Sie erhalten dann das Profil der α-Cyclodextrin-Kavität von Atom 9 (O-3) bis Atom 11 (O-6)...

Eine ausführliche Beschreibung des MolShape-Algorithmus befindet sich in meiner Dissertation ( PDF-Datei, 3,67 MB). Bei weiteren Fragen kontaktieren Sie mich einfach via E-Mail (siehe Fußzeile).